Una vez producido y esterilizado el sustrato-compost (y las instalaciones-equipo), el productor puede colocarlo en las bandejas de madera/lechos o en bolsas de plástico y añadir y mezclar el micelio.
Las explotaciones verticales grandes con fines comerciales pueden producir sus semillas en laboratorios. Producir el micelio requiere conocimientos científicos especializados y los productores de setas aficionados no podrán llevarlo a cabo. La mayoría de ellos compra las semillas a proveedores legítimos. Para obtener mejores resultados, el productor puede realizar pruebas y mezclar diferentes cepas de proveedores de semillas distintos, ya que las setas varían mucho de una cepa a otra. El micelio puede comprarse en grano, en serrín o pellets. A medida que aumenta la tasa de inoculación, más rápido crecerá el micelio a través del sustrato, pero esto no significa necesariamente una mayor producción. Una tasa de inoculación alta puede tener beneficios para los cultivadores de setas principiantes, pero aumenta los costes de producción. Las cantidades pueden ir disminuyendo de manera gradual a medida que vayamos adquiriendo experiencia.
El agricultor puede elegir el método de distribución (superior, interior o por capas) dependiendo del tipo de sustrato que vaya a elegir, los lechos y la disponibilidad (o carencia) de mano de obra. Normalmente inocular la parte superficial es más fácil ya que el inóculo se coloca encima del sustrato. Una vez inyectado el micelio en el sustrato, comienza la fase de incubación (el micelio crece a través del sustrato). El tiempo que durará la incubación dependerá del tipo de sustrato y de la variedad de la seta. El tiempo de incubación del champiñón común (Agaricus) en un sustrato de paja es aproximadamente de 14 días bajo condiciones controladas con temperaturas de 23-26°C o 77-80,6°F, una humedad relativa superior al 90%, y un contenido de CO₂ en el aire de 2000-3000 ppm.
Una vez haya pasado este tiempo (14 días), el agricultor cubre la paja con una capa de 4-5 cm de turba y caliza (colada) y riega hasta que aparece el micelio en la parte superior (7 días). Las condiciones se estimulan continuamente y a los mismos niveles que antes. A continuación, llega el momento del primordio. Para entrar rápidamente en la fase de fructificación, las setas deben enfrentarse a unas condiciones de estrés. Es fundamental introducir este estímulo en cuanto se complete la colonización.
Los productores bajan la temperatura a 15-18°C (60-64,4°F) y el CO₂ por debajo de 800 ppm (o aumentan el oxígeno) y establecen la humedad relativa al 80-85%. La temperatura debe permanecer en esos niveles para que la fructificación sea buena y continúe. Unas temperaturas más altas o más bajas no serán bien recibidas por las setas. Además, es necesario regar entre 2-3 veces por semana (en función de la temperatura y el sustrato. Los cuerpos fructíferos (primordios y cabezas de alfiler) empezarán a aparecer en unos 3 días. Por último, si cultivamos champión común, la sala de crecimiento debe permanecer oscura durante el proceso de fructificación. No obstante, otros tipos de setas como las de ostra, las shiitake, las enoki, las maitake, la bruja marrón grande y la melena de león, necesitarán luz para crecer correctamente (puede utilizar LED).
A partir de este momento, los productores siguen regando el medio de cultivo hasta que las setas alcanzan el tamaño adecuado para su venta.
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