Il contenuto di sostanza organica di un suolo può svolgere un ruolo fondamentale per la sua salute, influenzando più di una delle caratteristiche sopra menzionate. È la frazione del suolo costituita da residui vegetali e animali in diversi stadi di decomposizione, ricca di carbonio e azoto (fosforo, zolfo e minerali in tracce).
I terreni possono avere da una traccia fino al 20-30% di materia organica. Tuttavia, un contenuto tra l'1 e il 6% è più comune nella maggior parte dei terreni utilizzati in agricoltura.