El contenido de la materia orgánica del suelo puede desempeñar un papel clave en su salud, afectando a más de una de las características que hemos mencionado anteriormente. Es la parte del suelo compuesta por los residuos de animales y plantas en distintas fases de descomposición y que es rica en carbono y nitrógeno (fósforo, azufre y oligoelementos).
Los suelos pueden tener desde pequeñas cantidades hasta un 20-30% de materia orgánica. No obstante, lo más común en la mayoría de los suelos utilizados para la agricultura es un contenido de materia orgánica de entre el 1-6%.