Biyoyakıtlar, insanlar tarafından organik madde kullanılarak üretilen yakıtlardır. Biyoyakıtlar, üretim kaynakları nedeniyle yenilenebilir olarak kabul edilir. En yaygın biyoyakıtlar biyodizel, biyoetanol (sıvılar) ve biyogazdır (gaz). Biyoyakıtlar ya çiftliğin ana ürünü ya da yan ürünüdür. Kanola, ayçiçeği ve soya fasulyesi biyodizel üretimi için tipik ürünlerdir.
Öte yandan biyoetanol şeker kamışı, şeker pancarı, manyok gibi ürünlerden üretilir. Ayrıca şeker açısından zengin gıda atıklarından ve pazarlanamayan ürünlerden de yapılır. Listedeki üçüncü biyoyakıt olan biyogaz, gübre, bitki atığı, gıda atıkları ve ölü hayvanlar gibi materyallerden üretilmektedir. Biyogaz, mikroorganizmaların anaerobik sindirimi ile üretilir ve ana bileşeni metandır. Biyoyakıt üretiminin ne kadar doğal olduğu ve sırf bunun için arazi kullanımı hakkında kamuoyunda bir tartışma var.
