Tolerans, bitkinin böceklerin kendisinden beslenmesine veya patojenlerin kendisini enfekte etmesine izin verdiğinde ortaya çıkar. Yine de bitki hasar seviyesini kontrol eder-kısıtlar ve güçlü iyileşme mekanizmalarına sahiptir.
Kuraklık, don veya yüksek toprak tuzluluğu gibi abiyotik stres faktörüne karşı bitki toleransı dendiğinde, çoğunlukla bitkinin uğradığı hasardan hızlaca kurtulma yeteneğine odaklanırız. Dahası, abiyotik stres toleransı bitkinin stres faktörüyle başa çıkmak için mücadele mekanizmalarını (belirli enzimlerin üretimi vb.) kullanma ve aktifleştirme yeteneğini de içerebilir.