La tolerancia se produce cuando las características de una planta permiten que los insectos se alimenten de ella o que la infecte el patógeno. Aun así, la planta controla-restringe el nivel de daño (por unidad de insecto/patógeno presente) y tiene fuertes mecanismos de recuperación.
Cuando hablamos de tolerancia de las plantas frente a un factor de estrés abiótico como la sequía, las heladas o un suelo de gran salinidad, nos centramos sobre todo en la capacidad de la planta para recuperarse rápidamente del daño que pueda haber sufrido. Es más, la tolerancia abiótica de la planta puede incluir la capacidad de adoptar (plasticidad) y activar mecanismos/técnicas de copia para hacer frente al factor que provoca el estrés (producción de enzimas específicas, etc.)