El agotamiento de los recursos es la utilización de los recursos naturales más rápido de lo que se reponen. Los recursos naturales en la agricultura son la fertilidad del suelo, las reservas de aguas subterráneas, la vida salvaje (fauna y flora), y otras especies de plantas, animales, insectos y microorganismos. El agotamiento de los recursos procede de la agricultura intensiva, la deforestación de la tierra, el uso de pesticidas y de plantar de manera sucesiva.
Después de la revolución agrícola la erosión y la degradación del suelo se han incrementado, se han reducido las reservas de aguas subterráneas y ha empeorado la calidad del agua debido a la salinidad y la concentración de iones. La actividad del ser humano ha desplazado y confinado la vida salvaje, disminuyendo la biodiversidad debido a la deforestación, al ruido de las máquinas, a la caza, etc. El gran aliado de los agricultores son los organismos beneficiosos como las abejas y los insectos depredadores. Sin embargo, las poblaciones de estos insectos se han visto reducidas debido al uso de pesticidas. Esto ha provocado que proliferen insectos y ácaros perjudiciales y que haya una necesidad cada vez mayor de fumigar con productos químicos.