A depleção de recursos é o consumo de recursos naturais mais rapidamente do que eles podem se recuperar. Na agricultura, os recursos são a fertilidade do solo, as reservas de água subterrânea, a vida selvagem (fauna e flora) e diferentes espécies de plantas, animais, insetos e microorganismos. Agricultura intensiva, desmatamento de terras, uso de pesticidas e plantações consecutivas resultam em esgotamento de recursos.
Após a revolução agrícola, a erosão e a degradação do solo aumentaram, as reservas de águas subterrâneas diminuíram e a qualidade da água caiu devido à salinidade e concentração de íons. A atividade humana deslocou e confinou a vida selvagem, diminuindo a biodiversidade devido ao desmatamento, ruídos de máquinas, caça etc. Um aliado importante dos agricultores são os organismos benéficos, como abelhas e insetos predadores. Devido ao uso de pesticidas, essas populações de insetos são compactadas, levando à explosão de insetos e ácaros nocivos e a maior necessidade de pulverização com produtos químicos.