Η αγροοικολογία είναι μια ολοκληρωμένη πρακτική που επικεντρώνεται στις αλληλεπιδράσεις μεταξύ των φυτών, των ζώων, του περιβάλλοντος και της κοινότητας (των αγροτών). Τα αγροοικολογικά συστήματα έχουν μεγάλη ποικιλομορφία. Οι πρακτικές προσαρμόζονται στις διαφορετικές ανάγκες και τοποθεσίες και αποτελούν συνδυασμό επιστημονικών δεδομένων και τοπικών γνώσεων (η ανταλλαγή γνώσεων και η ένταξη είναι σημαντικά στοιχεία). Η ποικιλομορφία, η αποτελεσματικότητα, η ανθεκτικότητα και η ανακύκλωση είναι επίσης μεταξύ των βασικών στοιχείων της αγροοικολογίας.
Συνήθεις πρακτικές που εφαρμόζονται είναι η συγκαλλιέργεια, η αμειψισπορά, η μικτή γεωργία, η αγροδασοπονία κ.λπ.