苹果是一种美味的水果，不幸的是，它并不只对人类有吸引力。蚜虫、蛆虫、甲虫、叶蝉、螨虫和蓟马经常袭击苹果树，进行产卵和取食。这些害虫的共同点是，它们在树的各个部位或果实上产卵，经常造成果实上的斑点或孔洞、落果，以及对损害叶片。它们会导致叶片卷曲和变黄、骨架化和落叶。
对商业苹果种植者造成严重经济损失的一种重要的真菌病是白粉病。病原体白叉丝单囊壳会攻击花、叶和果实，导致果实变形和变色，同时果实的数量减少。此外，受感染的树木变得脆弱，更容易受到其他攻击。阅读更多关于白粉病的信息。
火烧病是一种由欧文氏菌属 引起的细菌性疾病。它可以在气候潮湿和温暖的苹果园里广泛传播。正如其名称所显示的那样，火烧病最终使嫩枝和树枝看起来像被烧过一样。它主要影响嫩枝，只有在树处于休眠状态时才能进行修剪。在生长旺盛的时候进行修剪则很可能会传播这种疾病。
苹果疮痂病是一种真菌性疾病，由苹果黑星菌引起。它主要首先侵害叶片，然后是花和果实。最初的症状是叶片上出现橄榄绿色的斑点。斑点经常增加、变黑和合并，使叶片看起来呈深褐色。然后，病斑出现在果实上。受感染的果实变得坚硬和黑褐色，果肉经常裂开，不适合销售。
冠腐病、领腐病和根腐病也是常见的苹果疾病。
