橙子树可能会受到昆虫（主要是蚜虫）、真菌、细菌和病毒疾病的严重影响。
蚜虫（主要是卷叶蚜）是以叶子背面为食的小苍蝇，经常导致柑橘叶子卷曲。这并不是重大的损害，因为橙子树的产量一般不会因叶子卷曲受到很大影响。然而，蚜虫也可以传播根枯病病毒。蚜虫主要影响叶片柔软的幼树，随着树木的成熟和叶片的硬化，蚜虫的数量会迅速减少。
橙子树的主要细菌性疾病
1.) 假单胞菌：它影响到叶子、嫩枝和果实。叶柄上出现黑点，并迅速扩大。一个常见的症状是叶子卷曲或变黑并死亡，同时果实上也可能出现黑点。在咨询有执照的农艺师后，农民通常使用铜质杀菌剂。
2.) 柑橘黄单胞菌：它引起柑橘腐烂病。最常见的症状是在叶子和果实上出现斑点。受感染的树木会出现落叶和过早落果。这种病原体影响到嫩叶、嫩芽和幼果。不幸的是，它可以通过雨水迅速从树木的感染区传播到非感染区，导致叶片和果实过早脱落。
橙子的主要真菌性疾病
1.) 根串珠霉：它引起黑色根部腐烂。根部出现黑斑，最后可能完全变黑。
2.) 指状青霉：它引起绿色腐烂或霉变。果实腐烂萎缩，最后坍塌。
3.) 褐色蒂腐病菌：它引起黑色素瘤。在叶子、嫩茎和果实上出现小黑点。该病原体导致叶片过早脱落和果实腐烂。
