不幸的是，杏仁树可能会遭受各种真菌和细菌疾病以及各种害虫的侵害。
黃萎病。这是一种在土壤传播的真菌病，通过根系进入杏仁树，最终可以杀死杏仁树。若干年后，它阻断了从根部转移到树木上部的水分和养分，导致整个树枝倒塌。它是由病原体棉花黃萎病引起的。黃萎病对加利福尼亚谷地的坚果果园造成了巨大的经济损失。不幸的是，这种病原体可以在没有任何植物宿主的情况下在土壤中生存多年。防止黃萎病的第一项预防措施是：如果在这块田里种植棉花或茄科植物（番茄、马铃薯、烟草），要保持4年的休耕。另外，农民可以在几年内播种各种草，或者用特殊的塑料薄膜覆盖地面（请咨询有执照的农艺师）。防治黃萎病的第二个预防措施是选择对这种疾病有抵抗力的根茎。过度灌溉和某些杂草的存在有利于该病的快速传播。
冠瘿病。这是一种由病原体根癌農桿菌引起的细菌性疾病，它通过伤口进入杏仁幼树。病原体的活动导致各种虫瘿的产生，最终会阻断本应从根部转移到树木上部的水和营养。受感染的树木会出现较小的叶子，变得虚弱，没有生产力。
各种类型和大小的螨虫会攻击受水影响的杏仁树，并寄居在叶子的背面。最常见的症状是叶子的颜色变成黄色或青铜色，而且叶子经常掉落。产量明显减少。
杏仁核分裂症、炭疽病和链格孢叶斑病也是常见的杏仁树疾病。阅读更多关于杏仁树疾病的信息。
