Wurzelhalsgalle ist eine Krankheit, die hauptsächlich junge Bäume befällt und durch das Bakterium Agrobacterium tumefaciens verursacht wird.  Das häufigste Symptom ist eine Tumorbildung (Auswuchs) in den Wurzeln oberhalb oder unterhalb der Bodenlinie. Befallene Bäume mit vielen Gallen sind allmählich nicht mehr in der Lage, Wasser und Nährstoffe an die oberen Teile des Baumes weiterzuleiten. Infolgedessen werden sie allmählich schwach und sterben schließlich ab. Das Bakterium kann viele Jahre lang im Boden überleben.

Die Walnussfäule ist eine bakterielle Krankheit, die durch Xanthomonas juglandis verursacht wird. Sie ist die häufigste Krankheit des Walnussbaums, die sowohl das Laub als auch die Nüsse befällt. Sie tritt am häufigsten bei feuchten und nassen Frühjahrsbedingungen auf. Einige der Symptome bestehen darin, dass die Kerne schrumpfen, verwelken, austrocknen oder sich verfärben. In der Baumrinde und den Blättern können Läsionen auftreten, und infizierte neue Triebe können absterben. Niederschläge begünstigen die rasche Ausbreitung der Krankheit, da die Bakterien durch das Regenwasser auf das neue grüne Gewebe übertragen werden und dieses infizieren.

Armillaria-Wurzelfäule, Phytophthora-Wurzelfäule und Echter Mehltau sind ebenfalls häufige Walnussbaumkrankheiten.

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